“2012年,太平洋地区海底深处出现了一个时空虫洞,随后,巨大无比的巨兽从海洋中出现,至此,人类进入深海纪元
第一只巨兽首先摧毁了旧金山以及周围所有的海岸城市,而人类大部分企图阻止巨兽的军事行动全部以失败告终,但巨兽也最终在人类的殊死抵抗下死于核弹中,但旧金山方圆百里变成了荒芜之地
事件结束后,人类为巨兽起了“开菊兽”的名字,但原本认为结束的怪兽袭击却接二连三而出现在各个环太平洋城市
最后,人类在无计可施之下,提取地球最强生物哥斯拉的基因,利用哥斯拉的基因制造出了生物机甲“贼鸥”,来对抗开菊兽大军
由两名脑部神经网络互相串连的操纵者同步操作生物机甲,利用仪器来检测开菊兽的级别与代号
自从有了生物机甲,人类开始获得胜利,甚至将开菊兽袭击变成宣传活动与仪式,但人类却并不知道更加恐怖的威胁即将来临,